Vleeshal is niet alleen een bijzonder centrum voor hedendaagse kunst dankzij haar atypische tentoonstellingsruimte en verrassende programmering, maar ook omdat zij een collectie heeft - een unicum. In de jaren 1990 werd onder impuls van toenmalig directeur Lex ter Braak aan een ambitieuze collectie van hedendaagse beeldende kunst begonnen. Deze collectie was bestemd voor een nieuw voorzien museum in Middelburg, met als werktitel Museum IX/13.

De collectie betreft twee blokken, enerzijds landelijke en lokale kunst uit de BKR-regeling (de afkorting BKR staat voor Beeldende Kunstenaars Regeling, een internationaal unieke regeling, die van 1949 tot 1987 kunstenaars een (tijdelijk) inkomen bood in ruil voor kunstwerken of andere artistieke tegenprestaties). Anderzijds een aanzet tot een radicaal internationale collectie hedendaagse kunst, met enkele grote ensembles van een beperkt aantal kunstenaars (met o.a. Jimmie Durham, Nedko Solakov, Suchan Kinoshita, Cameron Jamie, Pippilotti Rist en Job Koelewijn), maar te weinig om er zonder doorgedreven verdere collectie-uitbouw een lokale werking mee te kunnen opzetten. De stad Middelburg besloot dit museum niet te bouwen en de collectie niet verder te zetten. De aanzet van collectievorming had daardoor zijn mogelijke context en zichtbaarheid verloren en bezwaarde Vleeshal, voor wie de collectie een opslagkost en beheersvraagstuk was geworden.

Gezien de nauwe historische banden tussen Middelburg en Antwerpen, het collectieprofiel van het M HKA en het feit dat Bart De Baere lid was van de adviescommissie bij de samenstelling van de Vleeshal-collectie, werd ze aan het M HKA in langdurige bruikleen gegeven. M HKA gaf deze collectie een publiek bestaan door de kunstwerken te valoriseren in zijn collectietentoonstellingsbeleid.

Er is al jaren geen actief aankoopbeleid meer. De collectie wordt hier en daar uitgebreid met sporadische aankopen en schenkingen van kunstenaars die deel uitmaken van het Vleeshal-programma.