Vleeshal is niet alleen een bijzonder centrum voor hedendaagse kunst dankzij haar atypische tentoonstellingsruimte en verrassende programmering, maar ook omdat zij een collectie heeft - een unicum. In de jaren 1990 werd onder impuls van toenmalig directeur Lex ter Braak aan een ambitieuze collectie van hedendaagse beeldende kunst begonnen. Deze collectie was bestemd voor een nieuw voorzien museum in Middelburg, ontworpen door Aldo en Hannie van Eyck. In 1995 werd duidelijk dat er helaas onvoldoende politiek draagvlak was voor dit museum. De aanzet van collectievorming had daardoor zijn mogelijke context en zichtbaarheid verloren en bezwaarde Vleeshal. De collectie was een opslagkost en beheersvraagstuk geworden.

Gezien de nauwe historische banden tussen Middelburg en Antwerpen, het collectieprofiel van het M HKA en het feit dat Bart De Baere lid was van de commissie die in de jaren 1990 kunstwerken voor het nog te bouwen Middelburgse museum aankocht, werd de collectie in langdurige bruikleen aan het M HKA gegeven.

De collectie betreft twee blokken: enerzijds landelijke en lokale kunst uit de BKR-regeling (de afkorting BKR staat voor Beeldende Kunstenaars Regeling, een regeling, die van 1949 tot 1987 kunstenaars een (tijdelijk) inkomen bood in ruil voor kunstwerken of andere artistieke tegenprestaties). Anderzijds een aanzet tot een internationale collectie hedendaagse kunst, met enkele grote ensembles van een beperkt aantal kunstenaars (o.a. Jimmie Durham, Nedko Solakov, Suchan Kinoshita, Cameron Jamie, Pipilotti Rist en Job Koelewijn).

Er is al jaren geen actief aankoopbeleid meer. De collectie wordt hier en daar uitgebreid met sporadische aankopen en schenkingen van kunstenaars die deel uitmaken van het Vleeshal-programma.